Проподобниот отец Прохор Пчински, подвизувајќи се со добар подвиг во Нагоричанската и Козјачката пустина, се родил за време на царувањето на цар Диоген. Родителите на светиот Прохор, Јован и Ана, побожно живееле во Овчеполскиот крај. Тие биле натажени луѓе, бидејќи долго време немале деца. Горејќи од желба за деца, тие усрдно везнесувале молитви кон Бога и многу милостиња давале по црквите и сиромашните. Ана зачнала во староста и родила син, кој на крштението добил име Прохор. Кога Прохор наполнил осум години родителите го испратиле да ја изучува писменоста. Прохор многу напредувал во учењето и со тоа многу ги зарадувал своите родители.
Кога Прохор ја изучил книжевната мудрост подобро од своите врсници и постанал полнолетен, родителите намислиле да го оженат за да добијат наследници. Но, Прохор не сакал себе си да се окова во земните окови. Горејќи со љубовен пламен кон Господа, тој жеднеел деноноќно да му служи со умот и срцето, со духот и телото. Затоа ја сакал црквата и нејзините богослужби и секој ден одел на молитва. Слушајќи ги зборовите на на Господа Исуса Христа во Евангелието: Кој го љуби таткото свој или мајката своја повеќе од Мене, не е достоен за Меде; и кој ме љуби Мене, нека го земе крстот свој и нека врви по Мене. – Прохор одлучил да го остави светот и сите светски убавини, па целиот да се посвети на Бога. Излегувајќи од црквата, каде ги слушал овие Господови зборови, тој целиот свој имот го раздал на сиромашните и отишол во пустина, пеејќи заедно со пророкот Давид: Душата моја жедува за силниот и живиот Бог. Како што црната жеднее по ведни извори, така и душата моја, Боже, копнее по Тебе! (Псал. 41,2,1).
Доаѓајќи во нагоричката пустина, Прохор нашол мала пештера и покрај неа мал извор на вода, па тука се населил. Почнал да се подвузува со прекрасен и спасителен подвиг, имајќи го секогаш пред очите на душата Господа Бога. Храната му се состоела од трева и разни растенија. Но, и таа храна ја земал само еднаш на три дена. Со молитвата, пак, секогаш ја нахранувал својата душа. Живеејќи на таков начин, проподобниот поминал во пустината 32 години и за тоа време не видел човечко лице, а се дружел само со ѕверовите кои го посетувале.
По Божја промисла се случило ова: некој човек по име Диоген, дошол во лов во пустината, каде што преподобниот се подвизувал. Тој сдогледал една срна и почнал да ја брка. Срната бегајќи дотрчала во пештерата на преподобниот, кој, пак, често ја хранел. Гледајќи ја срната многу уплашена, проподобниот ја запрашал: Зошто така бегаш? Тогаш пристигнал и Диоген, па гледајќи го влакнестиот старец, облечен во искинати алишта, силно се исплашил, се свртел назад и почнал да бега. Светиот пустиножител, предвидувајќи со Духот дека набргу ќе постане цар, почнал да го доикува, велеќки: Диогене, врати се! Не плаши се! Застани! Па и јас сум човек. Слушајќи ги зборовите на преподобниот, Диоген се вратил и со страв паднал пред нозете на чудниот старец, барајќи благослов од него. Светиот старец го благословил и пророчки му рекол: “Диогене, оди веднаш во Цариград, бидејќи Бог ќе те издигне на царскиот престол. А тогаш немој мене да ме заборавиш. Тие, па калишта што се на тебе, остави ги во посебна соба и често навраќај се да ги видиш, спомнувајќи си и за мене, старецот, кој живее во оваа пустина.” Диоген го послушал старецот и веднаш отпатувал во Цариград. И пророштвото на светиот старец се исполнило: по кратко време Диоген постанал цар. Тогаш тој постапил по заповедта на светиот пустиножител и своите стари облеки ги оставил во посебна соба. Но, набргу заборавил на нив. Триесет години после тоа преподобниот Прохор му се јавил на Диоген на сон и му рекол: “Зошто, Диогене, ги заборави своите претходни аблеки, а и мене, старецот? Погрижи се да ми подигнеш макер и малечок храм.”
Откако се разбудил, царот го опфатил страв и веднаш отишолд а ги види своите стари облеки и се потцетил на се што му рекел старецот. Сакајќи да ја исполни желбата на преподобниот, царот заминал во пустината, во која го пронашол светиот подвижник бркајќи ја срната. Доаѓајќи во Жеглиговскиот крај, царот не можел да го пронајде светиот старец, бидејќи пред тоа, по Божја промисла, старецот преминал на планината Козјак. А тоа се случило откако ангел Господов се јавил на преподобниот и му рекол: !Бегај одавде длабоко по пустината во пустината и насели се на Козјак“.
Светиот Прохор го послушал гласот Господов и доаѓајќи на Козјак пронашол мала пештера и во неа се населил. Тука живеел уште триесет години, подвизувајќи се со пост и молитва и угодувајќи на Бога со исполнување на Неговите свети заповеди. Со таквиот богоугоден живот тој стекнал дар на прозорливост и чудотворство. И тогаш, веќе во длабока старост, му се јавил на сон на царот Диоген. Царот, патувајќи, го нашол местото на подвижништво на Божјиот угодник и тука, во Нагоричани, му подигнал храм. Но, царот многу тагувал бидејќи не знаел каде почиваат неговите мошти. Затоа усрдно со молел на светиот Прохор да му ги открие неговите мошти. И светиот Прохор му се јавил во сон и му рекол неговите мошти да ги бара во Козјачката пустина. Тогаш царот испратил многу војници да ги бараат моштите од светителот. Тие ги барале многу денови, но нивниот труд бил залуден. А еден старец, стоејќи на врвот од планината Козјак, откаде можел да се види целиот Козјак и во ширина и во должина, здогледал еден бел орел како лета над пештерата над која се наоѓале моќтите на светиот Прохор. Таму се упатиле сите, заедно со царот, и во пештерата ги пронашле нераспадливи моштиле на светителот. Царот и сите што биле со него паднале ничкум пред моштите на светителот па со големо стравопочитување и побожност, со пеење на црковни песни, ги зеле, ја преминале реката Пчиња и дошле во ногоподигнатиот Нагоричански храм. Кога утредента дошле во храмот, во него не ги нашле светите мошти, кои, пак, сами се вратиле во својата пештера. Но, тие повторно ги донесле, а моштите пак сами се врателе. Тоа се случиле три пати. Тогаш царот одлучил светителот да го понесе со себе во Цариград, па го товариле телото на една маска. Но, маската не сакала да се помрдне од местото. Царот во тоа ја видеј желбата на светиот отец Прохор и тој наредил, да се подигне нова црква на реката Пчиња и во неа нераспадливо до денес почиваат светите и чудотворни мошти, од кои тече свето и исцелително миро.
Новоподигнатата црква била осветена во присуство на царот и мноштво народ, а покрај црквата бил изграден и манастир. Царот ја зел левата рака од светителот и со себе ја однесол во Цариград, а останатото тело целло го оставил во новата обител, за кое се верува дека точи свето и целително миро на утеха, помош и лекувања на сите кои со вера и љубов пристапуваат кон светиот Божји угодник, Прохор Пчински.
Житието на свети Прохор Пчински е напишано од непознат автор. Тоа е зачувано во неколку нови преписи од 18-19 век, направени врз основа на постари. Три негови преписи се чувале во манастирската библиотека на манастирот „Свети Прохор Пчински“, а еден препис од 1847 година се наоѓал во бившата Скопска митрололија. Две од Пчинските житија се препишувани од хилендарските монаси Мартириј Хилендарски и Дионисиј Хилендарски.
